ČESTITKA - sretna Nova 2019. godina

31.12.2018.

USAMLJENOST

30.12.2018.


Image and video hosting by TinyPic

Usamljenost ne mora biti ničija sudbina,
jedino ukoliko neki zli ljudi
nisu odredili za vas kazamate,
kojima se mlate pare
pa je onda usamljenost
nešto kao banke
u kojima je svaki depozit zlatna
šipka od maka,
kojom sam svoju majku zazivao
kao pjesmu crvenu i tugom oblivenu,
da je svaka kitica
kao zlaćana šipkica,
a svaka pjesma
kao konat što se istresa
u vreću punu zlata
pa Amor nije više Amor,
nego je zlato Amor
tako da na koncu
ostade samo sjeta,
da nakon te naše noći
ispiti je gutljaj žuči i more
tako da odluta svaka nada,
da ćeš jednom biti sasvim sama,
ali sa mnom.


http://www.magicus.info/hr/magicus/tekst.php?id=66804

DVA RAZLIČITA ROMANA

28.12.2018.



(slika: digital artist)


pa fantazije su važne, naravno,
jedino ukoliko nisu pogubne
kada od njih stradaju barem dvoje
dakle, fantazije mogu biti pogubne,
ali i naši realiteti
mogu biti manje više
kao vješala na kojima osuđenik
više ne diše,
prema tome, kada se stvari zbroje,
danas je opasno za oboje,
ukoliko i fantaziraju
i ukoliko mniju,
da je važno roman napisati,
samo što ja hoću ljubavni roman,
a ona uporno hoće kriminalistički,
jer je tobože ljubav kao u krimiću
gdje se ljudi smiću
pa od ljubavi osta' samo sjena,
da je nekada bila od susreta snena.


ova pjesma je iz moje 39. knjige "Dnevnici - 3. dio"
http://www.digitalne-knjige.com/gavrilovic39.php

ZIMA

27.12.2018.



slika: digital art

ovo je jedna poezija oko koje sam se trudio, što je prilično neobično, danima i tjednima, dok je konačno nisam nekako priveo kraju, ali ni sada ne znam je li ona dobila svoj konačan izgled; naravno, na čitateljima je da prosude njenu vrijednost, meni se sviđa na svoj neobičan način, inače se ne bih toliko trudio oko nje

Zima, zima, dušo moja,
nitko ne zna kolika je zima,
da je iz oblaka gustih mala snježinka
i ne znam pravo je li ova kiša
mojih bogova ljutnja prosta
ili je to nebeske naše majke daždinka?

Noć je, pada snijeg,
a ja opet čitav ovaj dan mislim tebe
i slatka se želja javi obnoć,
da te nisam ukrao,
zaboravio zasvagda tvoj trud
i nikada i nikome se više nećeš vrnut

Užgao sam peć,
hladno je
i iz pepela bijela obnovi se život
kao fenix ptica,
kojoj let nije bio uzalud
i čuh jasno:
''njet, ruski malčik, njet'',
nego vidi, zima i pomisli
kako sav život
kao da je tebe vrijedan
i grijeh bi bila ova čaša crna vina
kao teška željezna ruzina,
da na rane duboke
melem ljubavi iskrene
gubicom svojom isprah kao bijesan pas,
koji na samrtni čas uzdiše sa bolom:
hoću da budem živ,
hoću da budem sa tobom.

I još uvijek čujem tvoje disanje teško,
kao tamno more u vrijeme velikih oluja,
kada vjetar i grom duboki
treskom prekri cijeli grad,
a lice svijetli kao dva anđela mir,
oblak boli konačno prestade da vri
i onda začuh smijeh tvoj tihi
pa postadoh kao luče
što se ušulja u krevet
kao jedno malo bijesno bijedno kuče.


KOLIKO JE NAŠA PREDSTAVA SFERE NAIVNA?

26.12.2018.




Tekst je iz zajedničke zbirke

"POEZIJA SVEMIRA"

Željka Košarić-Safiris

Jadranka Varga

dr. Zlatan Gavrilović Kovač


Image and video hosting by TinyPic


Da bismo pokazali koliko je predstava sfere Nerkesija Muhammeda nama današnjima naivna, poslužit ćemo se primjerom jednog zvjezdanog sazviježđa na sjevernom nebu svima nam poznatoga kao Mali medvjed.

Ukoliko promatramo nebesku sferu za vrijeme duboke noći, a bez svijetlosti Mjeseca onda nam se čini da su sazviježda podjednako udaljena od nas. Ona tvore nebeski sklop u čitavom poretku Kozmosa koji je od oduvijek bio u uskoj povezanosti sa ljudskim životom i kojim je bila obilježena čitava ljudska kultura. Tako je konačno sav ljudski rod vremenom poprimio karakteristike našega univerzalnog jedinstva sa poretkom čitava svijeta. Nije stoga čudno, da su sve naše kulture od one pretpovijesne do današnjih imale mnoštvo priča i mitova koji su bili u uskoj povezanosti sa našim poimanjima neba i nebeske sfere.

U grčkoj mitologiji, na primjer, sazviježđe Malog medvjeda asocirano je sa Idom, jednom od nimfi koja je njegovala boga Zeusa, dok je ovaj bio dijete. U drugom mitu sedam zvijezda Malog medvjeda identificirane su sa Hesperides-sa sedam kćeri Atlasa koji je upravljao Herinim hramom i vrtom gdje su rasle jabuke besmrtnosti.

Zvijezde Malog medvjeda ponekad su se, također, razmatrale kao dio sazviježđa Zmaja i formirale su jedan asterizam koji se zvao Zmajevo krilo. Grci su isto tako ovo sazviježđe pripisivali Feničanima koji su uzmali Mali medvjed za navigaciju morem mnogo više, nego što je to slučaj sa sazviježđem Velikog medvjeda koji je od njega mnogo veći i to zato, jer je sazviježđe Malog medvjeda mnogo bliže Sjevernom zvjezdanom polu i mnogo bolje ukazuje na sjever. Ovo se sazviježde još naziva u našim krajevima Mala kola pored slike Malog medvjeda sa dugim repom i onda se obično kaže, da je rep toliko dugačak, jer se Medvjed držao za njega i okretao oko pola.

Međutim, istina o tome sazviježđu je sasvim drugačija od ove koju smo naveli. Na kraju repa medvjeda nalazi se zvijezda Polaris koja je najsjajnija zvijezda ove konstalacije. Polaris je, također, kod nas poznata kao zvijezda Sjevernjača, a zapravo to je žuti super gigant sa magnitudom od 2.02, zapravo pulsar koji ima svoju pulsirajuću varijablu sa preciznim periodama svjetlosti i pulsacije koja je korisna za mjerenje distance između nebeskih tijela.
Zvijezda Sjevernjača je, dakle, višestruki zvjezdani sistem koji je udaljen nekih 430 svjetlosnih godina, njena primarna komponenta je sjajni gigant ili super gigant, dok su dva sjajna pratioca sasvim male galaksije.

Kochab je sa druge strane narančasti gigant koji je udaljen nekih 126 svjetlosnih godina, njegova svjetlost je 130 puta veća, nego svjetlost našeg Sunca.

Pherkad je opet vrući gigant A kategorije koji je 1100 puta sjajniji od našega Sunca, a 480 je svjetlosnih godina udaljen od nas.

Jildun je, sa druge strane, sasvim mala galaksija koja je udaljena od nas 183 svjetlosne godine.

Zeta Malog medvjeda je mala galaksija koja je udaljena od nas 380 svjetlosnih godina, dok je zeta ovog sazviježđa žuta galaksija koja je udaljena 97 svjetlosnih godina. Međutim, Mali medvjed sadrži također i deep sky objekte koji su eliptičke galaksije sastavljene od starih zvijezda sa malo ili nimalo zvijezda u unutrašnjosti.

Prema tome, teško je kako bismo danas mogli pristati na jednu jednostavnu sliku nebeske sfere kao plave lopte ili plavog neba pod kojim osjećamo mizeriju našeg života, a da ne vidimo sav trud generacija proteklih stoljeća koje su nosile sa novim spoznajama i nove istine o našem usudu u Kozmosu.

Odatle se čini, da bi suvremena književna kritika trebala biti obogaćena i prirodno-znastvenim spoznajama kako bi se doista došlo do puna uvida u karakter estetskog užitka i pune istine o njemu.



Image and video hosting by TinyPic

Image and video hosting by TinyPic

http://www.digitalne-knjige.com/poezijasvemira.php

ISBN zapis dostupan u računalnom katalogu Nacionalne i sveučilišne knjižnice u Zagrebu pod brojem
ISBN broj: 978-953-8100-54-3 ...Sva autorska prava pridržana. Ni jedan dio ove knjige ne smije se reproducirati ni prenositi ni u kakvom obliku niti ikakvim sredstvima elektroničkim ili mehaničkim, fotokopiranjem, snimanjem ili umnažanjem u bilo kojem informatičkom sustavu za pohranjivanje i korištenje bez prethodne suglasnosti vlasnika prava.

č e s t i t k a

24.12.2018.

LUTALICE

21.12.2018.


Image and video hosting by TinyPic

lutao sam beskrajima
morima i planinama
i vukao teško breme
koje sa sebe nikada nisam svukao,
svog svojeg bića muku,
da sam konačno pomislio sada
kako sam stigao u mirnu luku
gdje me čeka oka zlata sjajna
i glad pomamna
na ležaju mekom od borovih iglica
vlažna od tvoga znoja hladna,
da je ljubav vječna mjera
čovjeka koji istinu treba protubića
koji tebe stavlja niže skota,
ali sam se prevario,
jer je vrijeme ratnika
učinilo i od tebe
pa je sada lutati nam
beskrajima, morima i planinama,
dok nam žiće ne okonča tu pjesmu
u vječnom poretku rađanja i smrti
i ja jedno znam,
da je naša ljubav
i naša patnja
taj moment beskraja
gdje vječno sada
traje danima i godinama


http://www.magicus.info/hr/magicus/tekst.php?id=66649


KNJIGE SU OTIŠLE U AUSTRALIJU

19.12.2018.

BOG SVIJETA

18.12.2018.




Beskrajan jesi
Svemoćni
Svemogući
nevidljiv i nedjeljiv
neograničen prostorom ,
vremenom i materijom.

Izvan kvantiteta i kvaliteta,
bez oblika,
bez boje,
bez mjere,
bez da naređuje,
bez da ga se sluša,
ali sa voljom dobrih djela,
sa znanjem, naukom i spoznajom
kako bismo bili Tebi u blizini,
u bliskosti i ništa više.

Ti si samodovoljan,
dok čitav svijet opstoji u Tebi,
a ne prema vlastitoj biti,
Ti si Ono bez čega ničega nema,
osim Tebe.

Slučajnost svijeta nije drugo
do igra sjene,
Ti si Sve
i Ono što Jest
i zato neka Ti je slava
bez srdžbe,
bez zlobe,
bez suparništva,
bez oholosti,
bez taštine,
dižem svoj pogled
u beskonačne daljine.


Pjesma je iz zajedničke zbirke
"POEZIJA SVEMIRA"

Željka Košarić-Safiris

Jadranka Varga

dr. Zlatan Gavrilović Kovač


Image and video hosting by TinyPic

Image and video hosting by TinyPic

http://www.digitalne-knjige.com/poezijasvemira.php

ISBN zapis dostupan u računalnom katalogu Nacionalne i sveučilišne knjižnice u Zagrebu pod brojem
ISBN broj:
ISBN 978-953-8100-54-3Sva autorska prava pridržana. Ni jedan dio ove knjige ne smije se reproducirati ni prenositi ni u kakvom obliku niti ikakvim sredstvima elektroničkim ili mehaničkim, fotokopiranjem, snimanjem ili umnažanjem u bilo kojem informatičkom sustavu za pohranjivanje i korištenje bez prethodne suglasnosti vlasnika prava.

CVIJEĆE U VAZI

16.12.2018.



(slika: digital artist)


kupio sam joj cvijeće crveno
koje je na koncu završilo
u mojoj vazi
jer je šest dolara
za mene cifra velika
a nisam znao
da li bi ga ona
zaboraviti mogla
kao jednu suvišnu stvar
jer ja patim od obisityja
i ludosti svakojake
pa valjano ne znadem
je li joj stalo
do moje vaze


ova pjesma je iz moje 39. knjige "Dnevnici - 3. dio"
http://www.digitalne-knjige.com/gavrilovic39.php

O BAKALARU, O JOŠ JEDNOJ GLUPOSTI

15.12.2018.

Ne bih mnogo o toj talijanskoj gluposti, ali bih ovom prilikom htio reći par riječi o tome kako nas Talijani doživljavaju u kuhinji. Oni, naime misle, da smo mi totalne budale i ljudi koji nemamo pojma o kuhinji, da je naša hrana jednostavna, siromašna, da je sve na zaprškama i da mi na primjer ne znamo niti bakalar skuhati za Božić pa, prema tome, da nismo pravi kršćani, da nismo pravi katolici.

Da je riječ o notornoj gluposti, neka posluži primjer jedne Talijanke, koja me je propitivala o kuhanju bakalara: ja sam kupovao bakalar za Božić, a ona se namjesti izazivački pa me upita: ‘’a je li vi tučete bakalar sa macolom prije pripremanja’’ kao tobože, mi smo tolike budale pa tučemo suhu ribu drvenom macolom, da bude mekša, da čovjek pukne od smijeha, jer vi, kada i pogledate dalmatinsku kuhinju Dike Marhanović Radica, onda ona i kaže sasvim jasno, da bakalar nije potrebno tući batom, a ako ga se već hoće protući, onda prethodno suhi bakalar treba dan dva namočiti da omekša kao što piše na stranici 67, a na istoj toj stranici kod pripremanja bakalara kao delikatese kaže, da ga se ne smije tuči.

Medutim, ona isto tako ističe, da kod sušene ribe za zimu kao što je to slučaj sa hobotnicom, mi u pripremanju osušene trakove najprije protučemo jednim drvetom, a onda ih operemo u toploj vodi i još močimo u hladnoj, dok ne ih ne pržimo na ulju i u ovim slučajevima naša praksa u kuhinji je bila prilično jasna . Međutim, Talijani se smiju našim navikama kao mi smo notorne budale za razliku od njih, koji su toliki stručnjaci.

Isto tako kao što im nije poznato, da je bakalar za Božić moguće pripremiti i sa mlijekom, međutim neka ovom prilikom bude o tome rečeno samo ovo.


iz moje 23. knjige "Agamemnon"
ISBN 978-953-8054-30-3 za knjigu od NSK RH



http://www.digitalne-knjige.com/gavrilovic23.php

MOJ SLUČAJ U POSLJEDNJIH TRIDESET GODINA

14.12.2018.

Pa ja ne bih previše pravio dramu od svoga slučaja s obzirom, da u našem političkom miljeu ima sličnih i težih slučajeva.

U našoj političkoj povijesti poznati su slučajevi Moše Pijade, koji je više bio po jugoslavenskim kazamatim,a nego na slobodi. Krleža je o tome jako lijepo pisao kao o primjeru političke borbe za slobodu našega čovjeka bez obzira što su Moši bili polupani svi zubi , koji je bio tučen i prebijan, ali je istrajavao u tome našemu zlu, dok konačno, kako biva i primjereno jednome takvome čvrstome karakteru, nije otrovan od vlastitih suboraca - da čovjek pukne od smijeha.

Pa onda cijela posljeratna naša povijest povijest je takvih brutalnosti novog socijalističkog režima, kojem individualna sudbina uopće nije bila bitna kao što je to slučaj na primjer sa malo poznatim Ivom Mesarićem, koji je odrobijao 20 godina kao Stepinčev učenik, iako iza sebe nije imao nikakvu krivicu, osim te da je religiozan čovjek. Pa onda je poznat, također, slučaj kardinala Stepinca, koji je kao crkveni naš lider robijao u Lepoglavi, jer tim ljudima ništa nije bilo sveto niti pažnje vrijedno. Iste takve drakonske kazne doživljavali su akteri hrvatskog proljeća pa onda akteri Kosovske pobune 1981. godine i mnogi drugi.

Ja sam, na primjer, zbog svojih napisa koji su javnosti poznati prije svega zahvaljujući ljubaznosti uredništva portala www.magicus.info i portala www.digitalne-knjige.com iz Zagreba, prvo medicinski ''obrađen'' injekcijama depo moditena tako da sam od nje zavisan cijeli život, pa sam onda proveo trideset godina po zatvorima u Zagrebu u Ostrovičkoj ulici i Roma grovu u Adelaideu, a onda konačno i profesionalno degradiran poslovima pomoćnika skladištara ili pak trajnom penzijom, koja mi je dodijeljena od australijskih institucija. Znači, ne bih mogao reći da sam bio baš najsretniji baveći se novinarskim i političkim poslovima, za razliku od mnogih mojih kolega, koji su pravili karijeru u novim političkim uvjetima u Hrvatskoj, ali ja se ne žalim, jer je moj život, bio kakav bio, imao jako puno smisla u uzaludnim mojim borbama protiv predrasuda, neznanja, indolencije, zavisti, bezobraštine moćnika, koji su stezali uzde vlasti u zavisnosti od položaja, imetka, promocije, a istovremeno gurali moju osobu u bezdan političkog bezumlja riječima, kako sam ušao u politiku ''da se obogatim'' ili kako sam mijenjao imena da bih ''stvarao karijeru'', iako je u oba slučaja bilo riječi o mojem posljednjem naporu, da preživim zajedno sa svojom obitelji golgotu bratoubilačkog rata i nacionalne mržnje, koja je kosila ljudske živote kao kosa meku, vlažnu travu i svi su bili uvjereni da rade najbolje, jer će trava ponovno niknuti.

Gledajući retrospektivno, danas se ne mogu oteti tome dojmu, da smo preživjeli, ali sa spoznajama da se malo što u našem političkom životu promijenilo, nego da lekcije povijesti svaka generacija nanovo prolazi. I to je jedan usud našega prostora, da lako zaboravljamo i na na one događaje, koje bismo svakako trebali pamtiti po svome iskonskome zlu i patnji ljudi.


iz moje 23. knjige "Agamemnon"
ISBN 978-953-8054-30-3 za knjigu od NSK RH



http://www.digitalne-knjige.com/gavrilovic23.php

MI

13.12.2018.




(slika: digital artist)


mi smo i veliki
i mali

mi smo i sretni
i žalosni

mi smo i divlji
i krotki

mi smo radosni
i tužni

mi smo i nasmijani
i plačni

mi smo i patnici
i luđaci

mi smo i ljubavnici
i papučari

mi smo i suhi
i vlažni

mi smo i bogati
i siromasi

mi smo i loši
i dobri

mi smo i čedni
i nevaljali

mi smo i čisti
i prljavi

mi smo i nježni
i grubi

mi smo muškarci


ova pjesma je napisana 23.10.2011. u 08:19 h na portalu Magicus, kao komentar dolje navedenog linka:

http://www.magicus.info/hr/magicus/tekst.php?id=70353

i pjesma je postavljena kao poseban post na portal Magicus:

http://www.magicus.info/hr/magicus/tekst.php?id=126003

DJELATNOSTI MOG SINA EZRE

11.12.2018.

KAZALIŠNA PREDSTAVA U KOJOJ JE GLUMIO I MOJ SIN EZRA





______________________________________________________________________

RAD KOJEGA JE NAPRAVIO MOJ SIN EZRA IZ PODRUČJA BIOKEMIJE ODNOSNO MOLEKULARNE BIOLOGIJE

To je jedan biološki znanstveni program koji se bavi oligopeptidima, a kojega je napravio Ezra za svoje biološka istraživanja i koji je publiciran na stranicama interneta

OPLGen - Oligopeptide Ligand Generator
Simple command line tools to generate cyclic and linear oligopeptides in SMILES format, filter them based on drug-likeness, output stats and perform ligand file preparation using Open Babel to output ready-to-dock mol2 files. Supports Windows, OSX and Linux
Developed by:
@matthewjumpsoffbuildings
Ezra Rex
Flinders University of South Australia
College of Science and Engineering
Molecular Biology and Biotechnology Research Cluster
In collaboration with
Chinese Academy of Sciences
Yantai Institute of Coastal Zone Research
Laboratory of Molecular Phycology
Installation
Before installing, ensure you have the following requirements
• node+npm (recent versions)
• OpenBabel (for ligand file preparation)
Once you have the requirements, run the following in a cmd/terminal:
npm install -g oplgen
If you are on linux or OSX you may need to add sudo at the start of the install command like so:
sudo npm install -g oplgen
Updating
To update to the latest version, use the following command (with sudo at the start if needed):
npm install -g oplgen@latest
Usage
This program contains the following command line utilities:
• opl-generate (alias oplgen) - Generate oligopeptide SMILES files
• opl-filter (alias oplflt) - Sort, filter, output stats and mol2
• opl-subunits (alias oplsub) - Insert the default subunits.json into the working directory
• opl-dockstats (alias opldst) - Get stats from a mol2 file docked with dock6
The correct procedure to use these commands is to create separate folders for each type/length of chain you are interested in generating/filtering, and then run opl-generate and then opl-filter in each folder with different settings. For example if you want to generate cyclic chains of length 5, make a folder named cyclo.5 or something similar, and open a cmd/terminal in that folder to run the generation/filtering. Then if you want to generate linear chains of length 4 with ADDA conserved at position 1, make another folder named linear.4.1:ADDA or similar and open a cmd/terminal there to do the generation/filtering for that chain type.
opl-generate
Generate a specified number of oligopeptides in SMILES format from a collection of subunits stored in JSON format. Duplicates will not be created. For an example of how the subunits JSON is structured see the default JSON here
Once you have run oplgen once in a working directory with some arguments, they will be stored in a .params file so if you want to generate more using the same arguments you can just run oplgen without having to respecify the settings. This is useful since the number of possible oligopeptides is huge for anything but very small lengths, so you may want to generate in batches. You can still specify a different value for -n/--number if you want to generate more/less each time, but you shouldnt change any of the other options in the current working directory. If you accidentally generated the wrong type of chain the first time you ran oplgen in a new folder, just delete the smiles folder and .params file and start again. Note if you have lots of smiles files in the smiles folder it may be slow to try and delete it via your file explorer, instead delete it from the cmd/terminal using something like rm -rf smiles for OSX/Linux and rmdir smiles /S /Q for Windows
Once you have generated the desired number of SMILES, use opl-filter to select a subset of them based on drug-likeness, output stats about them, and convert them to mol2 using openbabel
The following options are available:
• -n --number - default: 100000
o How many SMILES to generate? Given even relatively short chain lengths, the number of possible unique chains is often beyond a home computers capability to generate, so this defaults to 100000
o If you pass a number greater than the possible number of unique chains for the given length/subunits, it will generate all possible unique chains
o If you pass a number less than 1, it will generate all possible unique chains for the given length/subunits
• -l --sequenceLength - default: 5
o How long should each generated chain of subunits be?
• -s --subunits - default: subunits.json
o Where should the generator look for the subunits JSON data?
o By default, the program has a subunits JSON file with 32 naturally occurring Microcystin subunits in its install directory
o If no subunits.json file is present, or if you dont pass anything for this argument, the default subunits JSON is used
o If you pass a reference to a different JSON for this argument, it will attempt to find the file you specified, else it will fall back to using the default JSON
o If you want to customise the default subunits JSON, you can use the opl-subunits command. This will insert the default JSON into the current working directory, for you to add/remove/modify subunits as needed
• -c --conserve
o By default all chains are generated using randomly selected subunits from the subunits JSON.
o If you want to ensure 1 or more specific subunits is present in all chains generated, you can use this argument
o This argument takes the form -c POSITION:SUBUNIT,POSITION:SUBUNIT
o For example to conserve ADDA at position 1 of all generated chains: -c 1:ADDA
o To conserve ADDA at position 2 and D-ALA at position 5: -c 2:ADDA,5:D-ALA
• --linear
o By default the chains generated will be cyclic. Passing the --linear argument makes the generated chains linear
• -r --ringClosureDigit - default: 9
o Unlikely to require editing.
o The digit used to close cyclic chains in the generated SMILES files
Examples
Generate SMILES for 100,000 cyclic oligopeptides of length 5 if in a fresh directory, or generate more oligopeptides using previous settings in a directory that has had opl-generate run in it before:
opl-generate
Generate SMILES for 100,000 linear oligopeptides of length 7:
opl-generate -l 7 --linear
Generate SMILES for 20,000 cyclic oligopeptides of length 6 with the ADDA subunit conserved at position 1 and D-ALA at position 4:
opl-generate -l 6 -n 20000 -c 1:ADDA,4:D-ALA
opl-filter
Take a large number of SMILES files generated by opl-generate, sort them by drug-likeness, select a range from the top scorers, output stats about this selected range, and optionally convert them to mol2 and create an output.mol2 ligand file ready for dock6. If an output.mol2 file already exists in the current working directory, newly converted mol2s will be appended to it. As with opl-generate duplicates are not created, and you may want to do this stage in batches since the openbabel mol2 conversion may take while for each SMILES file. You can also use a tool like UCSF Chimera to view individual mol2 files that are output in the mol2 folder
This command generates 2 stats files, stats-totals.txt and stats-files.txt, both containing data about the values of the properties of the SMILES that opl-filter picked. Both will contain a header line with a description of, and the command used to create that data set, followed by CSV style data about the selected SMILES. If you are interested in the specific property values of each SMILES file that was chosen, look in stats-files.txt. If you want to see statistics such as mean, median, min, max and standard deviations for all the SMILES chosen by this filter run, look in stats-totals.txt. If you run opl-filter multiple times, the new stats will be appended at the end of the stats txt files.
The following options are available:
• -n --number - default: 100
o How many of the generated SMILES do we want to convert to mol2? Usually this will be a small sub-set of the total number of generated SMILES.
o If you want to process every SMILES file, pass -n 0
• -r --range - default: same as --number
o After the program sorts all the SMILES on drug-likeness, what range of the sorted SMILES should the final 100 (or whatever amount we requested with the -n/--number argument) be selected from?
o By default the range is set to the same as the requested -n/--number, meaning you get the exact top 100 of the sorted list
o Since this means that there will be a lot less diversity, you may wish to make the range larger than the desired number of mol2 files, but smaller than the total amount of generated SMILES
o For example, if you have generated 1,000,000 SMILES, and you want to sort them and turn 100 of them into mol2 files for docking, or generate stats, and you want a bit more diversity, you could set the range to 1000. This will select 100 SMILES randomly from the top 1000 SMILES files, as opposed to picking the exact top 100.
o As with --number, if you pass -r 0 this will set the range to include all SMILES files.
• -s --stats
o By default oplflt will sort, generate stats, and convert to mol2.
o If you just want to do a sort and generate stats, but dont want to convert to mol2, pass -s or --stats
Examples
Generate stats and mol2 files for the exact top scoring 100 SMILES files (default):
opl-filter
Generate stats and mol2 files for 200 SMILES files randomly selected from the top scoring 1000:
opl-filter -n 200 -r 1000
Generate only stats for 300 SMILES randomly selected from all available SMILES files:
opl-filter -n 300 -r 0 -s
Generate only stats for all available SMILES files:
opl-filter -n 0 -s
opl-subunits
Copy the default subunits.json into the current working directory. You can then edit it as needed, and opl-generate and opl-filter will use your local copy when running in that directory, instead of the default subunits JSON file
opl-subunits

oplsub
opl-dockstats
Create a dock-stats.txt file containing statistics for min, max, median, mean and standard deviation from the energy scores contained in a mol2 file that has been successfully docked with dock6. By default it looks for a docked.mol2 file in the working directory, or you can pass the filename eg opl-dockstats my_docked_file.mol2
Important: If you put your docked mol2 file in the working directory, dont name it output.mol2 or the energy scores from dock6 will be overwritten if you run opl-filteragain in this directory
opl-dockstats

opldst docked_file.mol2
Keywords
• Peptide
• Oligopeptide
• SMILES
• mol2
• Bioinformatics
• OpenBabel
• Ligand
• Dock6Knjigu posvećujem putnicima namjernicima na stazi samorazvoja prema osobnim duhovnim spoznajama u fizičkom svijetu


https://www.npmjs.com/package/oplgen?fbclid=IwAR15MpBORIbaO_7e-nTrcWf-b06A5Xbvag_R6BH1x8MxIvy5m5cF36FNZvw


KAKO SAM POSTAO IDIOT?


Postoje neki fenomeni u Austaliji koju su nama Hrvatima prilično strani.

Ja bih cijenjeno čitateljstvo portala www.magicus.info upoznao sa jednim takvim australskim fenomenom: negdje prije neki dan uputim se ja gradskim autobusom do svoga sina u posjetu malo sam pogriješio, jer sam izabrao vrijeme nakon posla, dakle, doba najvećih gužvi u gradskom prometu.

Na sjedalicama autobusa predviđenog za invalide sjedilo je nas osmoro putnika od kojih sam ja bio najstariji i uđe na jednoj stanici jedna slijepa djevojka sa psom. Red bi bio u svakom slučaju, da se netko od nas digne toj djevojci i ustupi joj mjesto na sjedištu, ali su svi očekivali da to učinim ja, a ja sam opet smatrao kako ima mlađih, koji su to spremni napraviti i na koncu se jedna djevojka pokraj mene digne i ustupi joj mjesto, dok je djevojka preko puta doviknula, očito misleći na mene: ''Idiot!'', ali je ona i dalje nesmetano nastavila grijati svoju guzicu na mekom sjedištu lokalnog autobusa.

Svi su ljudi u autobusu mislili, da je moja sveta dužnost dignuti toj djevojci, kako bi oni neometano nastavili sa putovanjem, jer je ovdje već stoljećima moda, da migracija ili crnci ili neki drugi, koji nisu ''native'', budu na usluzi kako to Australcima padne na pamet.

Ima, doduše, jako puno komocije u toj filozofiji, samo što ja nekada ne pristajem na njega.



odlomak iz knjige RAZGLEDNICA IZ AUSTRALIJE

Image and video hosting by TinyPic

http://www.digitalne-knjige.com/gavrilovic25.php

DOKAZ

07.12.2018.

Budući da ima nekih natezanja tko je autor mojih programa, ja prilažem DOKAZ samog direktora radija 5EBI-FM

CIGANKA



Image and video hosting by TinyPic

vidjeh Cigane
na dnu moje ulice
čerge male i crvene
lonce i teče
crne gavrane
na nebu od sreće
rado bih plesat stao
da kolo nije tako malo
jedna duša
što se sa bogovima kuša
jedna tuga
u uskom dvorištu
sa ljudima bez srca
jedna muka
od stoljeća napuknuta
kao stara hrastova bačva
od kitnjaka ili medunca
jedna duga nakon kiše
kapi rose
na suncevom traku

nije li čudo neko
da je sunce kišom sjalo
čudnovato djelo Božje
pripremiti moram
ženidbeno sijelo
sa Cigankom
črnom kao vreteno
u kolu kojem je bijelo
klupko zapleteno
sa Cigankom
črnom kao kandilo za svijeće
bit će opet kiše
sa suncem koje peče

i shvatih tada
da bijah dugo
na kraju lanca hirovita slučaja
uzrok nepoznat
a tisuće posljedica
karte Ciganke gatare
Pikova dama teška sudba
duša mi spokojna
budiš se sa tajnama skrivenim
rukama oko moga struka
ti anđel moj mali
ti moja ljubav


pjesma iz moje zbirke poezije "BIJELA GOLUBICA"

http://www.digitalne-knjige.com/gavrilovic12.php

http://www.webstilus.net/content/view/29267/128/

http://www.magicus.info/hr/magicus/tekst.php?id=117625

PREDGOVOR KNJIZI ''5EBI-FM ADELAIDE''

06.12.2018.




PREDGOVOR

Poštovano čitateljstvo portala https://digitalne-knjige.com/ iz Zagreba pred sobom ima 55 radio programa koji su nastali na multietničkoj radio stanici 5EBI-FM u Adelaideu u periodu od 1999. do 2003. godine.

Kao zagrebački novinar ja sam od bosanskih kolega bio pozvan na tu radio stanicu kako bih po mogućnosti držao predavanja iz arapske filozofije i znanosti i ja sam prihvatio, ali su se od samog početka pojavili neki problemi, jer je bilo riječi o bosanskom radiju, dok ja govorim isključivo hrvatski pa onda moja interpretacija kardinalnih pitanja Kur'ana nije bila povoljno razumijevana kod adelaidskih svetih osoba i pri tome se misli na sve tri glavne konfesije koje karakteriziraju život suvremene Bosne, a moj prilog tom radiju nije bio dobro primljen niti kod većine običnih slušatelja kojima je smetalo moje porijeklo, moja obitelj i vjerske različitosti koje je obilježavaju.

Kada se moj sin Ezra na primjer vratio iz Izraela, tada sam se ja pohvalio: ‘’Vidite, moj sin je postao multilateralan’’
...a ja sam na to dobio odgovor: ‘’Taman je dobar za odstrel’’.

Nema nikakve sumnje, da je ovaj period od 4 godine bio obilježen silnim nerazumijevanjima pa onda nije čudno, da je jedna izabrana manjina stala kalkulirati sa mojim imenom i mojim emisijama već od samog početka, iako je istina kako je posrijedi bila samo velika količina ljubomore i zavisti. Zato se slazem sa mišljenjem jedne adelaidske dame, Natalie Flemming, koja mi je tim povodom rekla: ‘’Svaki posao u sebi sadrži izvijesnu dozu rizika i to treba prihvatiti kao stvarnost’’.

Zato sam polagano bilježio svaki svoj program, jer sam znao da se u balkanskom slučaju nalazim u vrlo nezgodnoj poziciji, a način da izbjegnem neke moguće nedoumice bio je taj, da sam stvaram svoju vlastitu arhivu sa radija, mada već postoji i ona službena koja je pohranjena u Australian Broadcasting Corporation. Stjecajem okolnosti, ti su programi nastajali u nesretnom vremenu neposredno pred zračni napad na tornjeve trgovačkog centra u New Yorku i neposredno nakon toga pa se pojavila sumnja ovdje u Australiji, da li to radio-stanica također stoji u svezi sa tim terorističkim napadom i koliku vezu sa time ima posebno moja osoba i emisije koje sam ja javno predstavljao.
Odatle su se pojavile mnoge nedoumice u pogledu moga novinarskog djelovanja na ovoj radio stanici i meni nije preostalo ništa drugo, nego sačekati povoljnije prilike pa možda javnosti predstaviti cjelokupni moj rad na stanici 5 EBI u Adelaideu.

Tako sam čekao godinama, dok se nije ukazala prilika da se ove emisije u obliku MP3 fajlova za kompjuter objave na portalu https://digitalne-knjige.com/ iz Zagreba kao jedna mala serija knjiga koje sadrže dokumentaciju o proteklom vremenu. Stoga ove knjige nisu samo teoretska izlaganja, nego jedan dokument vremena gdje je Bosna u samom središtu pitanja oko kojeg se kristaliziraju mnoga druga zajedno sa svjetskim događanjima koja su obilježila taj period od 4 godine dana.

Ta su predavanja na koncu i sabrana u knjizi pod naslovom „Predavanja iz Arapske filozofije i znanosti“ kao jedna kritika Russelove „Povijesti zapadne filozofije“, a također se jedan broj tih predavanja štampao i u bosanskom magazinu Bosna iz Sydneya i sa svim tim predavanjima i mojom djelatnošću na radiju bila je upoznata australska strana. Sada je bilo potrebno, da se i hrvatska strana osvjedoči o karakteru mojih nauma koji se vezuju za rad na radiju 5 EBI u Adelaideu.

U nadi, da će ovom prilikom biti otklonjene sve nedoumice, ja prilažem spomenute knjige i spomenute programe hrvatskom čitateljstvu kako bi steklo potpunu sliku mojeg angažmana koji traje evo već preko 40 godina .

U Adelaideu, 6.12.2018.
Autor

PIJANSTVO RIJEČI

03.12.2018.


Image and video hosting by TinyPic

Zapravo, gledah usne vrele
i neprimjetno sam zagledo
kožne lijepe sandale njene,
jer ništa ne htjedoh,
nego iz te tame poznog trenutka,
sramote i gorčine,
tren neke ljepote nježne,
gdje sve zaboraviti mogu
i nevino kao dijete
osjetiti grudi njene meke,
pomirisah kosu bujnu
i kao da svu volju njenu oćutjeh
i moleć' i proseć' rekoh:
bolesnu mi dušu izliječi,
moj um prosvijetli,
da razbijem ovaj ledeni kamen
umrle duše znamen
i moje usne zadrhtaše nijeme
u jednom danu bez trajanja,
kao da nužnost stroga okova vrijeme,
učini da dođem do predaha
i da moja ljubav
bude satkana kao lunine mijene,
vrati mi ufanje i nadu davnu,
da vidjeti mogu
kako bogovi sve od mjere stvore,
za svijet i za ljepotu spreme,
bolesnu moju dušu izliječi,
bolesnu od pijanstva riječi!


http://www.magicus.info/hr/magicus/tekst.php?id=71197

TEORETSKO RAZMIŠLJANJE O NUDIZMU

02.12.2018.


slika: internet

Htio sam reći nešto u pogledu tog našeg nudizma, da smo mi u Hrvatskoj imali teoretsko opravdanje za fenomen nudizma koji je kod nas počeo cvjetati negdje početkom '70.-tih godina prošlog stoljeća kao direktna posljedica studenstkih kretanja iz 1968. godine.

Tako je kod nas otkriven Herbert Marcuse kojeg je pokojni Gajo Petrović držao jednim od najvećih mislilaca suvremenog vremena i pri tome se uglavnom mislilo na njegova stajališta iz njegovog rada ''Eros and civilization'' koji je prvi puta tiskanu Americi 195.5 godine. Znači, postojala je na tamošnjim univerzitetima jedna klima slobode erosa, a takva je klima postojala i kod nas pa onda nije čudno kako je Marcuse bio toliko slavljen i hvaljen. Drugo izdanje ove knjige pojavilo se 1966. godine sa jednim političkim uvodom koji je tumačio političke zadatke suvremene filozofije. Riječ je o jednom pokušaju sinteze mišljenja i filozofije Marxa i Freuda gdje je glavna poanta jedan revolt protiv postojećeg socijalnog sistema kapitalizma kako bi otpočela nova stvarnost alternativne budućnosti.
Da čovjek pukne od smijeha!

Međutim, taj je Marcuseov pokušaj njemu donio internacionalnu slavu, jer je istovremeno simultano nastao zajedno sa pokretom za homoseksualno oslobođenje, tzv. gay liberatio , gdje je Freud stavljen u centar moralnog i političkog razmišljanja. Naravno, mi ne želimo sada ulaziti u raspravu koliko je dosljedno interpretiran Freud ili koliko kod Marcusea ima uticaja od strane Heideggera koji je znanstvenu spoznaju u cjelini odbacio kao vulgarnu; želimo samo objasniti taj fenomen kako bismo razumjeli jedanu našu socijalnu stranost turizma na Jadranu gdje se okupacija države više ne vrši tenkovima i topovima, nego kako što to Encesberger uvjerljivo danas govori, putem kulturne invazije gdje se turizam pojavljuje kao sredstvo okupacije jedne države.

Prema Marcuseu, industrijsko društvo postiglo je jako puno tako da je moguće uzeti njegove izvore kako bi čovjek uspostavio ravnotežu s instiktima života koji se razvijaju s one strane težnje prema smrti ion smatra, da je danas borba za život, da je borba za Eros politička borba, jer više ne postoji klasna borba u društvu, nego borba protiv represije nad našim instiktima. Postojeći kapitalistički sistem razvija se drugačije od nerepresivnog društva pa je prema tome Freudovo mišljenje, da je za civilizaciju potrebna represija pogrešno, jer je Eros oslobađajući i produktivan, konstruktivan. U suvremenom društvu postoji konflikt između alijeniranoga rada i Erosa, dok je seks u funkciji kapitalističke moći. Zato on govori o nealijeniranom libidinoznome radu koji može rezultirati nerepresivnom civilizacijom baziranoj na nerepresivnoj sublimaciji. Logos se mora integrirati s Erosom. Logos je ono što upravlja svemirom i postoji opasnost, da logos sa vremenom apsorbira eros, dok u suvremenom društvu biološka represija biva uvećana represijom viška vrijednosti što je rezultat suvremenih tendencija kapitalizma.

Dakle, mi ovdje vidimo kakoje riječ o jednoj slobodi erosa, o jednom oslobođenom erosu koji se razvija nasuprot represivne civilizacije i kako to dosljedno slijedi - tu nema više civilizacije, nego je suvremeno društvo kameno doba, jer što drugo slijedi iz radilkalne kritike rada, kritike znanosti kao vulgarne, iz kritike civilizacije, kritike logosa, nego jedan oslobođeni libido kamenog doba.
Eto to smo dobili od jednog od najvećih mislilaca suvremenoga vremena.

I sada da se vratimo na fenome našega nudizma. Ovaj je fenomen, zahvaljujući Marcuseu, kod nas bio tumačen upravo u ovom svjetlu oslobođenog erosa i što smo dobili od Jadrana, nego opći kupleraj uz ribu na gradelama, stolno vino i svirku lokalnog banda.

To je, dakle, naša turistička ponuda, jer mi izgleda i nismo ništa drugo mogli ponuditi. Da čovjek pukne od smijeha!



SOCIJALIZAM NA NUDISTIČKOJ PLAŽI

01.12.2018.



A koliko je taj naš socijalizam imao veze sa stvarnošću, neka posluži ovaj moj primjer: bilo je to negdje u ljeto 1988, ili 1989. godine, da sam se zatekao u Dubrovniku pa onda odlučim otići na Lokrum, jer je to jedan jako lijep otok kojeg sam često posjećivao.

Postoji stari dvorac koji je danas restoran te uredi Sveučilišta okružen lijepom i pitomom borovom šumom odakle vode putevi prema uvali Mrtvog mora, ako se pravo ide ili prema kupalištima na stijenama, ako se ide lijevo. Poznato je da je to omiljeno mjesto naših i stranih nudista i tako sam ja sjeo ispred toga dvorca i pušio sam kada odjednom dođu dvije zadihane Beograđanke, a to sam prepoznao po njihovome dijalektu i također sjednu na tu klupu.

One su bile jako nesretne, jer su trčale za nekim dečkima i pri tome su mogle nastradati, jer je Lokrum pun stijena koje se naglo spuštaju prema moru i dok su one tako nervozno uzdisale, ja pomislim da bih im se mogao obratiti nekom jako inteligentnom rečenicom, a kako sam u to vrijeme bio pun socijalizma, to mi je palo na pamet da bih mogao održati neko malo predavanje na tu temu pa ja otpočnem:

‘’Ma znate, kao što je drug Vlado Bakarić jednom rekao...’’ i počnem ja o našemu socijalizmu, ali kako nije bilo niti vrijeme niti mjesto za takve priče, još uvijek vidno uzbuđene od svog posljednjeg pothvata jedna od njih, a to je bila ona koja je sjedila neposredno do mene, mahne rukom u smislu ‘’Govoriš gluposti’’ pa me prekine riječima: ‘’A ti bi sada hteo da pričaš duboko intelektualne razgovore, a ja sam skoro pala sa stene.....’’

Nisam je htio, naravno, uvjeravati kako ima nešto višeg od nudizma pa se povučem, a one onda odu dalje niz šumski puteljak i ja sam tada pomislio koliko taj naš socijalizam ima veze sa stvarnošću. Tu je bila proklamirana jednakost pred sudom i pred trpezom, ali toga nigdje nije bilo niti na vidiku.

Mi smo se gnušali ruskog modela za kojeg smo govorili kako je totalitaran, dok je ovaj naš model trebao biti prava demokracija, jedino pravo rješenje sudbinskih pitanja organizacije suvremenog društva.

Da čovjek pukne od smijeha, jer je na koncu ta naša socijalistička demokracija završila u općemu kupleraju po nudističkim plažama na Jadranu uz dobro sortno vinu i zubatac na gradelama, a mi socijalisti, mi smo završili u katakombama kao prvi kršćani proganjani od vlasti i po drugim kontinetima. Svašta!

<< Prethodni mjesec | Sljedeći mjesec >>

Creative Commons License
Ovaj blog je ustupljen pod Creative Commons licencom Imenovanje-Nekomercijalno-Bez prerada.