Josip Perković i zapovjedna odgovornost za ratne zločine u Gospiću, Lori, Derventi...
Da je ICTY procesuirao slučaj Gospić, Josip Perković, u vrijeme počinjenja zločina pomoćnik ministra obrane za sigurnost (nadležan za vojnu protuobavještajnu tajnu službu SIS i Vojnu policiju), nakon Tuđmanove i Šuškove smrti, po načelu zapovjedne odgovornosti bio bi prvookrivljeni.
U vrijeme zločina Mirko Norac je bio podređen Perkoviću, a nakon zločina Perković je Tihomira Oreškovića iz civilne službe (tajnik Kriznog štaba za Liku) zaštitio od kaznenog progona tako što ga je zaposlio kod sebe u SIS (Military Counterintelligence Secret Service).
Na suđenju u Rijeci koje je vodila hrabra sutkinja Ika ŠarićPerković je bio pozvan samo u svojstvu svjedoka, ne i optuženog. On je tvrdio da nije znao za zločine koje su počinili osuđeni Orešković i Norac, iako je nekoliko svjedoka tvrdilo da su upravo Perkovića na vrijeme obavijestili kakvi se zločini u Gospiću događaju. Kako je primijetio izvještač Novog lista sa suđenja novinar Ico MikuličićPerkovićevo svjedočenje išlo je u prilog Norcu i Oreškoviću.
Josip Perković je kao desna ruka pokojnog ministra obrane Gojka Šuška, bio upoznat, a prema svjedočenju bivšeg vojnog policajca Marija Barišića i sudjelovao u prikrivanju ratnih zločina u splitskoj Lori i mjestu Derventa u BiH.
Perkovićeva uloga u ratu, kao i nedodirljiva pozicija spram ICTY-a (novinarka Jasna Babić u knjizi Urota Blaškić piše da je Josip Perković presudno pomogao odvjetniku Anti Nobilu da smanji kaznu Tihomiru Blaškiću u Haagu) i hrvatskog pravosuđa, podsjeća na slučaj Aleksandra Vasiljevića ratnog šefa KOS-a (Counterintelligence Service of Yugoslav People's Army). Vasiljević je bio tek svjedok na suđenju Miloševiću u Haagu i tek svjedok na suđenju za ratni zločin na Ovčari u Beogradu.
Hrvatski predsjednik Stjepan Mesić imenovao je Perkovićevog sina Sašu za svog savjetnika za nacionalnu sigurnost izjavivši da je:
Josip Perkovic after first democratic elections include in intelligence services, he formed Croatian intelligence service and went to retirement. There were those who were suspicious about his good attentions, but nothing was to put against him.
To je potpuno pogrešna izjava jer je Josip Perković za vrijeme Jugoslavije, krajem sedamdesetih godina bio uhićen od strane BND-a u Švicarskoj pod optužbom da je stanovitom Josipu Mileru donio pištolj i sedamdeset tisuća tadašnjih DM da na teritoriju SRNJ ubije jednog hrvatskog političkog emigranta.
Njemačka obavještajna diplomacija nikako ne može shvatiti da jedan agent kojeg je strana tajna služba uhitila in flagranti, kasnije može ostvariti vrhunsku karijeru i u Jugoslaviji i u neovisnoj Hrvatskoj. Takvog primjera nema u svijetu.
Mnogi analitičari danas u Hrvatskoj smatraju da Josip Perković, iako u mirovini, ima presudan uticaj na odluke koje o tajnim službama i organiziranom kriminalu donose premijer Sanader i predsjednik Mesić. Na Sanadera, navodno utiče preko šefa POA-e Tomislava Karamarka, a na Mesića preko svog sina Saše Perkovića.
Josip Perkovic anyway didn't allow to be brought up to court in police escort, what was ordered by the judge because of not responding. He came alone on the trial. Unofficialy, from people who participate in process, we heard that he came to Rijeka alone the day before and avoided coming of police on Monday morning to pick him up. Although he was one of the most important people of secret services who knew how the system was functioning, so probably the police didn't mind that they didn't have to accomplish such unpleasant role. Perkovic came to courtroom in elegant blue suite, which quality could be seen from the distance. He was helping himself with also an elegant stick of dark colour with golden pattern, he limpped, pulling one leg. He gave to the judge medical documentation which justified previous two absence from trial, and it was about illnes of his back and spine. He was answering academicly, professionaly and complicated, always trying to turn the questions in his favour.
Perkovic's role in the war, and untouchable position towards ICTY (reporter Jasna Babic in book Conspiracy Blaskic, wrote that Josip Perkovic decisively helped the lawyer Anto Nobilo to reduce the punishment to Tihomir Blaskic) and Croatian administration of justice, reminded of case of Aleksandar Vasiljevic, war chief of KOS (Counterintelligence service of Yugoslav People's Army). Vasiljevic was only witness on trial to Milosevic and witness on trial for war crime on Ovcara in Belgrade, and not the accused.