Franjo Ksaverski rodio se na dvorcu Xavier, u kraljevini Navari, 1506. godine. Nakon prvotnog i osnovnog školovanja u domovini, svoj je životni poziv tražio u crkvenoj službi. Stoga je kao mladić u rujnu 1525. godine pošao u središte europske znanosti, u Pariz, na sveučilište Sorbonnu. Nastanio se u Kolegiju sv. Barbare. Nakon četiri godine studija stekao je akademski stupanj 'doktora'. Ondje je počeo sanjariti o karijeri, bogatoj prihodima u svojoj domovini, u Pamploni. No, njegov sudrug sa studija, Ignacije Loyola, kasniji osnivač Družbe Isusove, privukao ga je k sebi. Po osnutku Družbe Isusove, Ignacije Loyola, kao general Reda, poslao je Franju Ksavera u misije. Od 1542. godine djelovao je u Indiji, a 1549. odlazi u Japan, i ondje postavlja temelje Crkve. Sve do 1551. godine djeluje u Japanu. Nakon toga pokušao je misijski djelovati i prodrijeti u Kinu, što je bilo vrlo teško jer je ulaz u zemlju bio strogo zabranjen. Blizu kineske obale na otoku Sancijanu, čekajući na pouzdano prijevozno sredstvo, Franjo se teško razbolio od bolesti pluća. Umro je bez ikakve njege, 3. prosinca 1552.