Strateški značaj Kupreške visoravni nije nikad bio dvojben, pa tako ni početkom 1992. godine. Rat u Hrvatskoj izgubio je na intenzitetu, a u Bosni i Hercegovini tenzije su konstantno rasle, najavljujući neizvjesnu budućnost.
Vrijeme do konca veljače 1992., na području Kupreške visoravni, prošlo je bez značajnijih događanja. 29. veljače 1992., oko 20 sati, dolazi do prvog ozbiljnog incidenta kada su pripadnici satnije Zlosela Kupreške bojne zaustavili konvoj od pet kamiona i
jednog terenskog vozila JNA koji su došli iz pravca Šipova. Tovar nije pregledan, pa je konvoj nakon konzultacija s Glavnim stožerom hrvatske TO u Grudama vraćen ujutro 1. ožujka natrag u smjeru odakle je došao.Dok je konvoj stajao u blokadi kod Zlosela, njegova je posada dobro osmotrila ponašanje hrvatskih pripadnika TO. Zapovjedništvo Korpusa je izviješteno da je na potezu Kupres-Zlosela-Rastićevo bilo 9 ophodnji Hrvatskih obrambenih snaga (HOS-a) i Zbora narodne garde (ZNG-a)7 brojnih u prosjeku oko 10 ljudi, s tri cestovne prepreke i dva protutenkovska minska polja. Ljudstvo na preprekama u Zloselima ocijenjeno je vrhunski mobilnim i koordiniranim te da je na potezu Rastićevo-Zlosela-Kupres izvršena dobra organizacija vatrenog sustava.
Napetosti u gradu su se intenzivirale u drugoj polovini ožujka 1992. godine kad su Srbi iselili žene i djecu iz Kupresa u Šipovo, ali i druge gradove po Bosni i Hercegovini i Srbiji. To je bio poziv i Hrvatima da učine isto, tako su hrvatske žene i djeca privremeno iseljeni u Trogir, Baško Polje, ali i Zagreb.
Prije samog početka sukoba srpske snage su se počele grupirati u blizini grada, u samom gradu su sve društvene objekte stavili pod svoju kontrolu, a na nekima su postavili strojnička i snajperska gnijezda.
Dana 3. travnja, ujutro oko 6:30, izbio je oružani sukob. Započeo je tako što su srpske snage s područja Donjeg Malovana otvorile vatru po hrvatskim postrojbama. Branitelji su odgovorili protunapadom, te do podne razbili protivnika u Donjem, a u Gornjem Malovanu ga okružili. Na području Cincara i Baljaka, Srbi su također razbijeni.
Hrvatske snage su do sljedećeg dana napredovale, a u grad je stigla i ojačana satnija iz Bugojna i Uskoplja. Najveću potencijalnu opasnost za hrvatske snage predstavljale su oklopne jedinice JNA koje su mogle donijeti prevagu na srpsku stranu. U nedjelju, 5. travnja, primijećena su srpska pojačanja na hodnji prema Kupresu, a postrojbe Kupreške bojne pojačane s postrojbom bojne Zrinski, postupno su zauzimale grad. Oko 20 sati Srbi su zatražili pregovore, do kojih je potom došlo. No već ujutro prema gradu je krenulo srpsko oklopništvo, na čelu s pukovnikom Slavkom Lisicom.U borbama za Kupres JNA je angažirala 30. pješačku diviziju, koju je vodio pukovnik Stanko Galić. Iz Knina za Kupres je krenuo pukovnik Slavko Lisica predvodeći ojačanu tenkovsku postrojbu iz oklopnog bataljuna u Sv. Roku. Lisica je ubrzo nakon toga otišao u Knin po novu tenkovsku postrojbu, a s tim je oklopništvom iz Knina i pješaštvom iz Banjalučkog korpusa JNA, Lisica ušao u Kupres.
Ubrzo su se malobrojne hrvatske snage povukle s Kupreške visoravni, a većina je odstupila prema Šujici, dok se jedan manji broj boraca povukao preko Malovanske poljane i Malovana na Cincar planinu. Pred njima je bilo višednevno lutanje po planinskom bespuću na putu prema području Livna.
Grad je pao 10. travnja, a pad Kupresa predstavlja jednu u nizu tragičnih epopeja hrvatskog naroda u Bosni i Hercegovini. Na hrvatskoj strani poginulo je 160 ljudi, a na srpskoj 85.
Kupres je ostao pod srpskom kontrolom sve do 11. mjeseca 1994. kada je oslobođen od hrvatskih snaga u operaciji Cincar.