Sezona 1939-40 počela je istupanjem hrvatskih i slovenskih klubova iz nogometnog saveza Jugoslavije i pristupanjem u novosnovani nogometni savez Hrvatske zbog centralizacije sporta u Beogradu. Klubovi su nastupili u Hrvatsko-slovenskoj ligi koja odigrana u cijelosti i prvak je postala ekipa Građanskog dok je Hajduk završio na trećem mjestu. U ekipu je te sezone doveden napadač HAŠK-a i jedan od najboljih igrača do Drugog svjetskog rata Ratko Kacian koji je odigrao za Hajduk 21 utakmicu i postigao 21 gol. Iz juniora došao je jedan od najboljih obrambenih igrača Hajduka svih vremena Ljubomir Kokeza koji je sveukupno odigrao 625 utakmica i postigao 8 golova. Pred kraj sezone u klub je doveden igrač koji je bio velika zvijezda europskog nogometa između dva rata i najboljih igrač Svjetskog nogometnog prvenstva 1934. godine čehoslovački reprezentativac Jiri Sobotka. Za Hajduk je odigrao 42 utakmice i postigao 28 golova. Pored domaćih igrača mogli su zaigrati samo vrhunski nogometaši koji su oplemenjivali igru Hajduka. Upravo su ova dvojica igrača bila dokaz te teze. Ipak je važno istknut nedostatak Frane Matošića koji je tu sezonu proveo služeći vojni rok u Beogradu i igrajući za BSK.
Jozo Matošić (18/9), Anđelko Marušić (18/0), Ivo Radovniković (16/8), Branko Bakotić (14/0), Gajo Raffanelli (16/0), Ivo Alujević (13/4), Leo Lemešić (15/7), Jiri Sobotka (7/2), Ljubomir Kokeza (8/0), Ante Ivančić (14/0), Šime Milutin (11/0), Miljenko Batinić (10/5), Petar Brkljača (13/0), Karlo Čapeta (5/8), Ante Muljačić (7/0), Branko Viđak (2/0), Ratko Kacijan (6/4), Josip Crnogača (6/0), Zdenko Zelić (3/0), Vladimir Kragić (5/0), Dražen Martić (1/0)
1. Građanski 18 16 1 1 91 6 +85 33
2. HAŠK 18 11 2 5 39 39 0 24
3. Hajduk 18 10 2 6 47 29 +16 22
4. Concordia 18 9 1 8 41 38 +3 19
5. SAŠK Sarajevo 18 8 2 8 30 40 -10 18
6. Slavija Osijek 18 6 4 8 33 43 -10 16
7. Split 18 6 3 9 25 41 -16 15
8. Slavija Varaždin 18 5 2 11 27 40 -13 12
9. Bačka Subotica 18 5 2 11 23 48 -25 12
10. Ljubljana 18 3 3 12 31 66 -35 9
Ipak obećano je hrvatskim i slovenskim klubova da će biti više zastupljeni što je dovelo do povratka u nogometni savez i odigravanja kratkotrajnog prvenstva od 6 klubova dvokružno. Prvenstvo je osvojio Građanski ispred BSK-a i Slavije iz Sarajeva. Hajduk je završio na predzadnjem mjestu sa samo 5 bodova. Gori od njega bila je samo ekipa HAŠK-a. Posljednji naslov osvojio je Građanski s možda najjačom ekipom uz onu BSK iz sezone 1936 koja je nastupala u svim prvenstvima. Emil Urch, Miroslav Brozović, Ivan Jazbinšek, Zvonimir Cimermančić, Svetozar Đanić, Ivan Belošević, August Lešnik, Milan Antolković, Florijan Matekalo, Žalant i Mirko Kokotović na čelu sa Martinom Bukoviom ušla je u povijest.
Petar Brkljača (9/0), Šime Milutin (3/0), Jozo Matošić (10/1), Gajo Raffanelli (8/0), Anđelko Marušić (10/0), Ivo Radovniković (10/5), Branko Bakotić (10/0), Ivo Alujević (10/2), Leo Lemešić (3/1), Jiri Sobotka (9/2), Ljubomir Kokeza (7/0), Miljenko Batinić (3/0), Karlo Čapeta (5/2), Ante Muljačić (2/0), Branko Viđak (5/1), Zdenko Zelić (2/0), Veljko Šubašić (2/0), Veljko Lovrić (1/0)
1. Gradanski 10 8 0 2 25 11 16
2. BSK 10 7 1 2 30 7 15
3. Slavija 10 7 0 3 14 14 14
4. Jugoslavija 10 3 2 5 16 18 8
5. Hajduk 10 1 3 6 14 29 5
6. HASK 10 1 0 9 12 32 2
Post je objavljen 14.01.2010. u 14:02 sati.