Nakon prodaje Dalmacije Italiji 1941. godine Hajduk je bio pozvan da se pridruži talijanskom prvenstvu što je vodstvo kluba izričito odbilio kao i ponudu Vlade NDH da igraju u njihovom prvenstvu. Igrači su kao i vodstvo otišli u patizane gdje su čekali obnovu kluba. Tako je bilo sve do1944. kada je na skupštini u Visu obnovljen Hrvatski športski klub Hajduk, a ne kao Hajduk NOVJ kako su većina smatrala. Nakon prebacivanja 26. dalmatinske divizije s Hvara na Vis, veliki zaljubljenik u Hajduka komandant Prve dalmatinske brigade 26. divizije Bogdan Stupar, naredbom je 6. ožujka 1944. godine pri štabu brigade formirao nogometnu grupu sastavljenu od 15 partizana, igrača Hajduka, Splita, ASK-a i šibenskoga Osvita. To su bili Jozo Matošić, Frane Matošić, Veljko Šubašić, Hrvoje Čulić, Zlatko Ferić, Vlade Kaliterna, Dušan Bjelanović, Vinko Jelaska, Ante Antonini, Marko Vušković, Bonaventura Parić, Ive Peršić, Dušan Bizjak, Mladen Berković i Bogomir Roje. Oni su prethodnica Hajduka i s pridošlicama iz Splita postali su sastavni dio HŠK Hajduk-NOVJ. U prvoj utakmici 9. ožujka 1944. pobijedili su na improviziranom igralištu u blizini gradilišta viškog aerodroma momčad britanskih artiljeraca rezultatom 12:2. Golove su postigli: Frane Matošić 6, Jozo Matošić 5 i Veljko Šubašić. Kasnije su pozvani i ostali igrači. U prvom pozivu upućenom 14. travnja pozvana su ova 14-orica: Janko Rodin, Leo Lemešić, Ljubo Benčić, Bartul Čulić, Miljenko Krstulović, Petar Brkljača, Frane Duplančić, Zdenko Zelić, Žarko Zelić, Ive Radovniković, Ivo Alujević, Miljenko Batinić, Branko Bakotić, Slavko Luštica i Karlo Čapeta. Ovom pozivu svi su se odazvali osim Karla Čapete, koji je izostanak opravdao obiteljskim razlozima, bolešću. Drugim pozivom 23. travnja, nakon što je prva grupa već došla na oslobođeni teritorij, pozvana je ova 15-orica: iz Splita — Vlade Kragić, Tonči Bonačić, Mirko Bonačić, ing. Fabijan Kaliterna, Ante Bakotić, Josip Lin, Ivo Kurir i Ante Kesić; iz Zagreba — Ratko Kacijan, Pičo Koceić, Gajo Rafanelli, prof. Veljko Poduje i Ivo Šušte; iz Dubrovnika — Šime Milutin i Đuro Purišić. Naknadnim, trećim pozivom, preko mjesnoga NOO Splita pozvani su još i dr. Petar Pjero Nisiteo i Boris Righi. Ratni Hajduk je od 7. svibnja 1944. do 23. listopada 1945. godine nastupao na tri kontinenta — Europa, Afrika i Azija, u sedam država — Jugoslavija, Italija, Malta, Egipat, Palestina, Libanon i Sirija, u 44 grada, a prevalio je oko 30.000 km. U tom razdoblju odigrao je 113 utakmica. Prva momčad je od odigranih 90 utakmica pobijedila 74 puta, igrala neriješeno devet, a izgubila sedam utakmica. "B" momčad odigrala je 23 utakmice: pobijedila 17, tri igrala neriješeno, tri izgubila. Sveukupna gol razlika bila je 522:145 za Hajduka.
Od ovdje nabrojenih utakmica Hajduk je u dva navrata nastupao kao momčad Jugoslavenske narodnooslobodilačke armije (Yugoslav National Liberation Army). U Bariju protiv reprezentacije Britanske vojske 23. rujna 1944. nastupili su samo igrači Hajduka. Visokom porazu 2:7 najviše je kumovalo spavanje na livadi pod vedrim nebom noć uoči utakmice kada im se pri dolasku iz Napulja pokvarilo vozilo. Svi igrači, osim Ive Radovnikovića i Slavka Luštice, dobili su visoku temperaturu i tako bolesti odigrali utakmicu. Druga međudržavna utakmica između reprezentacije NOVJ-a i reprezentacije Britanske vojske odigrana je u Splitu 26. prosinca 1944. na Hajdukovome igralištu pred 8000 gledalaca. Naši su golom Frane Matošića u 2. minuti pobijedili s 1:0. Reprezentacija NOVJ-a nastupila je u ovom sastavu: Miljenko Krstulović, Jozo Matošić, Ljubomir Kokeza, Miljenko Batinić, Ervin Katnić, Slavko Luštica, Ivo Alujević, Frane Matošić, Vojko Andrijašević, Žarko Rosić i Ivo Radovniković. Žarko Rosić, avijatičarski oficir, inače predratni prvotimac nogometnog kluba Split, za tu priliku doveden je iz Divulja, kamo se vratio u svoju jedinicu odmah po završetku utakmice. Susret je sudio Leo Lemešić. U ratnome razdoblju za Hajduka je najviše utakmica odigrao Ive Radovniković 85, potom slijede Frane Matošić 83 i Slavko Luštica 80. Vrijedno je spomenuti i to da je Hajduk bio proglašen počasnom sportskom momčadi slobodne Francuske i da je maršal Tito igračima i vodstvu Hajduka priredio čak šest primanja (1945., 1949., 1951., 1962., 1971. i 1978.), što je svojevrstan rekord da jedan državnik ugošćuje jednu sportsku organizaciju.
Nekoliko utakmica Hajduka za vrijeme Drugog svjetskog rata:
1 9 4 4
13.05.44 Vis Hajduk-NOVJ - Queen's Regiment 7-1
21.05.44 Vis Hajduk-NOVJ - British Commandos 2-2
24.05.44 Vis Hajduk-NOVJ - British Air Defence 8-1
28.05.44 Vis Hajduk-NOVJ - British Commandos 2-1
13.06.44 Mola di Bari British Unit Mola di Bari - Hajduk-NOVJ 0-10
18.06.44 Bari Palese British VIII Army - Hajduk-NOVJ 2-3
25.06.44 Gravina British Unit - Hajduk-NOVJ 0-9
28.06.44 Gravina Hajduk-NOVJ - Tenkisti NOVJ 6-1
01.07.44 Gravina Hajduk-NOVJ - Tenkisti NOVJ 8-0
11.07.44 Gravina Hajduk-NOVJ - British Unit (Altamural) 3-0
15.07.44 Manfredonia Pick Navy (Manfredonia) - Hajduk-NOVJ 0-7
16.07.44 Manfredonia Pick Navy (Manfredonia) - Hajduk-NOVJ 1-8
23.07.44 Bari Palese "A" Rest Camp (Bari Palese) - Hajduk-NOVJ 2-6
25.07.44 Grumo British Unit (Grumo) - Hajduk-NOVJ 0-9
30.07.44 Ortanuova British Unit (Ortanuova) - Hajduk-NOVJ 1-5
06.08.44 Napoli Royal Naval Barracks - Hajduk-NOVJ 3-6
09.08.44 Foggia RAF XI (Foggia) - Hajduk-NOVJ 1-1
13.08.44 Gravina British Unit (Ortanuova) - Hajduk-NOVJ 0-5
15.08.44 Grumo British Unit (Bari) - Hajduk-NOVJ 3-9
20.08.44 Bari Palese RAF XI (Foggia) - Hajduk-NOVJ 1-5
27.08.44 Roma British VIII Army - Hajduk-NOVJ 1-1
02.09.44 Napoli Pick Navy (Napoli) - Hajduk-NOVJ 0-7
10.09.44 Trani British Unit (Trani) - Hajduk-NOVJ 1-3
23.09.44 Bari British Army XI - Hajduk-NOVJ 7-2
08.10.44 Grumo British Unit (Grumo) - Hajduk-NOVJ 0-4
15.10.44 Bari Palese 5 Docks operating (Bari) - Hajduk-NOVJ 1-4
18.10.44 Foggia RAF XI (Foggia) - Hajduk-NOVJ 3-1
21.10.44 Tremoli Hajduk-NOVJ - Avijaticari NOVJ 2-2
26.10.44 Gravina Hajduk-NOVJ - Avijaticari NOVJ 4-3
28.10.44 Bari RAF XI (Foggia) - Hajduk-NOVJ 0-3
07.11.44 Split Hajduk-NOVJ - Prva proleterska 6-1
12.11.44 Split Hajduk-NOVJ - HMS Delphi 8-1
19.11.44 Divulje Jedinice VIII. korpusa - Hajduk-NOVJ 0-17
26.12.44 Split Hajduk - British Army XI 1-0
1 9 4 5
31.01.45 Sinj Junak (Sinj) - Hajduk-NOVJ 0-8
16.02.45 Zadar XX. udarna divizija - Hajduk-NOVJ 2-7
18.02.45 Split Hajduk - HMS Delphi 12-1
25.02.45 Zadar Hajduk - Pick Navy [MAL] 4-0
18.03.45 Valletta Pick Army - Hajduk 2-2
19.03.45 Valletta Pick Civilians - Hajduk 1-4
22.03.45 Valletta Pick RAF - Hajduk 2-7
24.03.45 Valletta Pick Navy [MAL] - Hajduk 2-5
25.03.45 Valletta Pick Civilians - Hajduk 3-5
31.03.45 Valletta Pick Army and Navy - Hajduk 1-2
01.04.45 Valletta Pick Civilians - Hajduk 1-2
08.04.45 Port Said Port Said XI - Hajduk 1-1
11.04.45 El Shatt Jedinstvo (El Shatt) - Hajduk 0-4
15.04.45 Alexandria British Army in Egypt - Hajduk 2-1
17.04.45 Almaza Pick Army - Hajduk 4-1
19.04.45 Digla Pick Army - Hajduk 2-6
22.04.45 Suez British Army in Egypt - Hajduk 4-1
25.04.45 Cairo Cairo XI - Hajduk 1-7
29.04.45 Alexandria Alexandria XI - Hajduk 1-6
05.05.45 Tel Aviv Maccabi (Tel Aviv) - Hajduk 2-7
06.05.45 Tel Aviv Beitar (Tel Aviv) - Hajduk 4-2
08.05.45 Haifa British Army in Palestine - Hajduk 2-3
11.05.45 Beirut Armee Française in Lebanon - Hajduk 0-4
12.05.45 Damascus Damascus XI - Hajduk 1-12
16.05.45 Alep Homenetmen (Alep) - Hajduk 1-3
17.05.45 Alep Armee Française in Sirie - Hajduk 3-4
20.05.45 Beirut Bagramian (Beirut) - Hajduk 1-8
22.05.45 Beirut Homenetmen Racing (Beirut) - Hajduk 2-3
24.05.45 Beirut Homenetmen (Beirut) - Hajduk 1-2
26.05.45 Beirut Renaissance sportive - Hajduk 2-4
27.05.45 Beirut Libanon - Hajduk 1-6
Post je objavljen 27.02.2008. u 12:36 sati.