Cilj SAPARD programa je pomoći održiv razvoj poljoprivrede i seoskih područja u zemljama kandidatima tijekom razdoblja pripreme za članstvo u EU, pomoći u rješavanju problema koji se odnose na dugoročnu prilagodbu poljoprivrednog sektora te pomoći u primjeni mjera Zajedničke poljoprivredne politike EU u zemljama kandidatima. Zemlje članice moraju osigurati primjenu procedura za odobravanje projekata i nadzor provedbe i trošenja odobrenih financijskih sredstava kakve se primjenjuju u zemljama članicama EU. Ministarstvo poljoprivrede, šumarstva i vodnoga gospodarstva kao nadležno tijelo za provedbu SAPARD programa, mora donijeti SAPARD program i ustrojiti SAPARD Agenciju tijekom 2005. godine, kako bi se sredstva za financiranje projekata mogla početi isplaćivati u 2006. godini. U suradnji s Europskom komisijom, ministarstvo je započelo sa aktivnostima za primjenu Programa krajem 2004. godine, te je do sada pripremljen prvi nacrt Programa te je usvojena izmjena ustrojstva Ministarstva radi osnivanja Agencije unutar njega. SAPARD program utvrđuje prioritetne ciljeve unutar kojih će se odobravati projekti poljoprivrednicima. Nacrtom su predložene investicije u:
1. poljoprivredna gospodarstva – korisnici su fizičke i pravne osobe te obiteljska poljoprivredna gospodarstva upisana u Upisnik poljoprivrednih gospodarstava definirana Zakonom o poljoprivredi (NN 66/01). Država u tim pravnim osobama ne smije imati više od 25% vlasničkog udjela.
2. unaprjeđenje prerade i marketinga poljoprivrednih i ribarskih proizvoda – korisnici su pravne osobe registrirane za navedene djelatnosti te obiteljska poljoprivredna gospodarstva definirana Zakonom o poljoprivredi (NN 66/01). Država u tim pravnim osobama ne smije imati više od 25% vlasničkog udjela.
3. razvoj i unaprjeđenje ruralne infrastrukture – korisnici su jedinice lokalne samouprave. Korisnici za protupožarne putove su jedinice lokalne samouprave na I. II. području ugroženosti od požara
4. tehnička pomoć za izradu projekata – korisnik je Ministarstvo poljoprivrede, šumarstva i vodnoga gospodarstva.
Nakon konačnog definiranja svih aktivnosti, uvjeta i dokumentacije, potencijalni korisnici biti će detaljno upoznati sa SAPARD programom. U cilju informiranja javnosti biti će proveden cijeli niz promotivnih aktivnosti. Za financiranje odobrenih mjera EU u pravilu osigurava 50% sredstava, a preostalih 50% zajednički financiraju zemlja kandidat i korisnik projekta (poljoprivrednik). Korisnici sredstava podnositi će svoje prijedloge projekata temeljem natječaja koji raspisuje SAPARD Agencija. Financirati će se isključivo projekti koji su u skladu s prioritetima utvrđenima u Programu te nakon odabira pomoću kriterija koje također definira Program. Ministarstvo planira informirati zainteresirane poljoprivrednike i javnost o detaljima u svezi provedbe program putem seminara (prvi Tjedan SAPARDA već se održao 28. 02. do 04.03.u 5 najvećih gradova).
Ravnateljstvo za tržišnu i strukturnu potporu u poljoprivredi Ministarstva postalo je tijelo za implementaciju SAPARD programa. Trenutno se radi na izradi procedura za proces akreditacije SAPARD Agencije. Nakon odobrenje Europske komisije uz objavu odluke o prenosu prava provođenja programa na akreditiranu Agenciju Ravnateljstvo će započeti s radom kao SAPARD Agencija.