Odmah nakon Oluje Haški sud je započeo istragu o zločinima napravljenima za vrijeme i nakon ratnih operacija. Tužilaštvo se, između ostalog, zainteresiralo i za Antu Gotovinu od kojeg je 1998. godine zatražilo službeni iskaz. Međutim, iako je Gotovina bio spreman na razgovor, hrvatski politički vrh mu to nije odobrio.
Gotovinu je ondašnji predsjednik RH Stjepan Mesić prisilno umirovio 29. rujna 2000. godine zajedno sa još šest visokih časnika Hrvatske vojske.
Glasine koje su kolale neko vrijeme pokazale su se istinitima: Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u Haagu podigao je 2001. optužnicu protiv Ante Gotovine optužujući ga za planiranje etničkoga čišćenja i ratne zločine. Gotovina je odbio primiti optužnicu te je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu.