Ljetna tvornica znanosti / Summer Science Factory
01.08.2008., petak
Bioinformatika
|
Danas smo ponavljali sve što smo radili u protekla četiri dana kako bi učvrstili naučeno. Podijelili smo se u dvije grupe. Mi smo dobili zadatak da nađemo gen za laktazu, protein, konzervirane domene i 3D sekvence od Bos Taurusa, odnosno goveda, a onda ih usporedimo sa njegovim dalekim rođacima. Prvo smo tražili gen i protein. Gen smo našli pomoću programa Blast. Kad smo ga našli, bilo nam ga je lako usporediti. Uspoređivali smo ga u Emboss-u. Koristili smo Dottup, Nedlee i Water. Kada koristite Dottup, morate unijeti dva fasta zapisa od ljudskih, životinjskih ili biljnih gena ili proteina. Fasta zapis gena vam se sastoji od samo četiri vrste slova, koji označavaju nukleotide. To su slova A, T, G i C, koji se ponavljaju oko par stotina puta. Evo vam i primjer: AATGCGGCTATTAGGCGCGCTTTAGCTGGCACGCAGCTCGCTCAT TGACAAAGGAGGCAAGAATATACAATGGGGCAAAGACAGCCTCTTC AACAAATGGTGCTGGTTCCAAATAGGAAAAGGAGTATATCAAGACTA TATATTGTCACCATGCTTATTTAACTTACCTGCAGAGTACATCATGA GAAACGCTGGGCTGGAGGACGCACAAGCTGGAATCAAGATTGCCA GGAGAAATATCAATAACCTCAGATATGCAGATGAAACCACCTTTATG GCAGAAAGCGAAGAAAAACTAAAGAGCGTCTTGATGAAAGTGAAAGA GGAGAGTGAAAAAATTGGCTTAAAGCTCAACATTCAGAAAACAAAGA Fasta zapis proteina se sastoji od dvadeset vrsta slova koja mi ne možemo (ni nemoramo) zapamtiti. Ta slova označavaju aminokiseline. I isto se ponavljaju po par stotina puta. A evo vam i taj primjer: MSRPLPYHIHFFSGLLTCWILCTSSAHKCTVRHEVADCSHLKLTQIPDDL PTNITVLNLTHNQLRRLPPANFTRYSQLTTLDGGFNSISKLEPELCQSLP WLEILNLQHNEISQLSDKTFIFCMNLTELHLMSNSIQKIKNDPFKNLKNLIK LDLSHNGLSSTKLGTQLQLENLQELLLSNNKISSLTPGEFDFLGNSSLKR ELSSNQIKEFSPGCFHTLGELSGLSLNNAKLSPSLTEKLCLELSNTSIENL SLSSNQLDTISHTTFDGLKQTNLTTLDLSRNSLRVMGNDSFAWLPHLEY LSLEYNNIEHLSSRSFYGLSNLRRLDLRRSFTRQSISLTSLPKIDDF I kad unesete dva gena ili dva proteina, ovisno o tome šta tražite, dobijete sliku koja izgleda otprilike ovako:   E sad: Ove crne crtice vam označavaju sličnosti, a gdje ih nema, to je različito. Te crne male točkice označavaju male sličnosti, a kad vidite veliku dijagonalnu crtu, to znači da je tu velika sačuvana sličnost. Onda smo radili u nedlee-u. To je program za globalno uspoređivanje DNA ili proteina. Uspoređivali smo DNA i proteine čovjeka i Bos Taurusa. Evo vam rezultati DNA: Aligned_sequences: 2 # 1: M61834 # 2: # Matrix: EDNAFULL # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 3199 # Identity: 1336/3199 (41.8%) # Similarity: 1336/3199 (41.8%) # Gaps: 1531/3199 (47.9%) # Score: 3921.0 A evo vam i od proteina: Aligned_sequences: 2 # 1: # 2: # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 2086 # Identity: 223/2086 (10.7%) # Similarity: 373/2086 (17.9%) # Gaps: 1341/2086 (64.3%) # Score: 71.0 Vidite, DNA se poklapa 41,8 %, a protein 17,9%. Znači da imaju sličnije DNA-ove nego proteine Nakon toga smo istraživali u Water-u.To je program koji pokazuje najsličniji dio između DNA-ova ili proteina. Evo rezultata: Aligned_sequences: 2 # 1: # 2: # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 1182 # Identity: 208/1182 (17.6%) # Similarity: 349/1182 (29.5%) # Gaps: 492/1182 (41.6%) # Score: 79.5 A evo proteina: Aligned_sequences: 2 # 1: # 2: # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 1182 # Identity: 208/1182 (17.6%) # Similarity: 349/1182 (29.5%) # Gaps: 492/1182 (41.6%) # Score: 79.5 Poslije toga smo pretraživali t-coffee koji pokazuje drvo sličnosti. On povezuje najsličnije DNA-ove i proteine. Evo vam i jedno stablo da vidite kako to izgleda.   žU tome stablu su vam čovjek, svinja, štakor, zec i govedo. Poslije toga smo tražili konzervirane domene DNA-ova i proteina. To su dijelovi koji su važni pa su ostali sačuvani. Evo vam od DNA:   A evo od proteina:   I onda su nam samo još nedostajale 3D strukture. Pa evo, pogledajte i kako to izgleda. Tu su dvije slike, ali to je isto, samo drugačije okrenuto.     PyMOL je program pomoću kojega gledamo 3D strukture. Ove strelice nam pokazuju smjer u kojemu se lanac aminokiselina zamotao. Pa eto mi smo to radili danas. Puno pozdrava od Maka, Lane, Roka, Borne i |
